古代の森研究舎の敷地は約1,000平方メートルと広いわけではありませんが、自生植物と植栽、園芸品種を含め277種以上の植物が生えています。以下に主な植物の種類を記す。()内は、現在確認している種数です。
針葉樹 (12種):アカエゾマツ、イチイ、ウラジロモミ、カラマツ、コメツガ、チョウセンゴヨウなど
広葉樹 (58種):イタヤカエデ、ウダイカンバ、ウリノキ、カツラ、クリ、ケヤキ、コナラ、サワシバ、サンショウ、ブナ、ミズナラ、トチノキ、ヒメグルミ、マルバアオダモ、ミツバアケビなど
樹木(園芸品種:31種):シデコブシ、シャクナゲ、ソメイヨシノ、ベニシダレザクラ(三春滝桜クローン)、ツルコケモモなど
草本 (103種):オオイヌノフグリ、カタバミ、ギョウジャニンニク、シラネアオイ、スミレサイシン、ナルコユリ、ネジバナ、ツシクサ、フキ、フッキソウ、ヤマブキソウ、ワレモコウなど
草本(園芸品種:71種):アメリカスミレサイシン、イワヤツデ、カナダアネモネ、スイセン、センチピートグラス、ポレモニウム・レプタンス、メドウスイート、ユーバトリウムコエレスティウムなど
シダ植物 (2種):コゴミ、スギナ
コケ植物 (2種):ダチョウゴケ?
2017年4月22日に古代の森研究舎で咲いている植物
樹木:ソメイヨシノ(4月19日開花)、ベニシダレザクラ (4月22日開花)、シデコブシ、イタヤカエデ、ユキヤナギ (シデコブシの自生個体群は準絶滅危惧に指定されている)
草本:フキ(自生)、スイセン、シュンラン(自生)、フッキソウ (自生)、タチツボスミレ、オオイヌノフグリ、ヒメオドリコソウ など